Влияние долгосрочного хранения плазмы крови на профиль циркулирующих микроРНК

Киселева А. В.; Сотникова Е. А.; Жарикова А. А.; Куценко В. А.; Васильев Д. К.; Покровская М. С.; Ершова А. И.; Мешков А. Н.; Драпкина О. М.

Статья

Влияние долгосрочного хранения плазмы крови на профиль циркулирующих микроРНК

Киселева А. В.,

Сотникова Е. А.,

Жарикова А. А.,

Куценко В. А.,

Васильев Д. К.,

Покровская М. С.,

Ершова А. И.,

Мешков А. Н.,

Драпкина О. М.

2025

https://doi.org/10.15829/1728-8800-2025-4550

Цель. Оценить влияние длительного хранения биобанкированных образцов плазмы крови на профиль циркулирующих малых некодирующих молекул рибонуклеиновой кислоты (микроРНК).Материал и методы. В исследование были включены парные аликвоты плазмы крови 10 пациентов из коллекции биобанка ФГБУ "НМИЦ ТПМ" Минздрава России. Контрольную группу составили образцы микроРНК, выделенные через 1,5 года после получения плазмы и хранившиеся далее в водном растворе 3,5 года. В группе с длительным хранением плазмы микроРНК была выделена из второй аликвоты плазмы через 5 лет. Все образцы хранились при -70 оС. Секвенирование было выполнено для обеих групп одновременно на платформе NextSeq 550 (Illumina, США) по протоколу High Output 1×75 п.н.Результаты. Анализ главных компонент на основании данных об уровне экспрессии генов микроРНК человека (версия ENCODE v47) показал разнородность изучаемых групп. В группе с длительным хранением плазмы по сравнению с контролем было выявлено статистически значимое снижение концентрации и размера библиотек, а также более чем двукратное повышение уровня экспрессии для 31 микроРНК.Заключение. Циркулирующие микроРНК показали более высокую стабильность при хранении в плазме крови, чем в водном растворе. Полученные результаты указывают на необходимость учета времени хранения выделенной микроРНК наряду с другими преаналитическими факторами для повышения воспроизводимости исследований микроРНК.

Киселева А. В., Сотникова Е. А., Жарикова А. А., Куценко В. А., Васильев Д. К., Покровская М. С., Ершова А. И., Мешков А. Н., Драпкина О. М. Влияние долгосрочного хранения плазмы крови на профиль циркулирующих микроРНК. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2025;24(11):4550. https://doi.org/10.15829/1728-8800-2025-4550

Цитирование

Список литературы

1. Matias-Garcia PR, Wilson R, Mussack V, et al. Impact of long-term storage and freeze-thawing on eight circulating microRNAs in plasma samples. PLoS One. 2020;15:e0227648. doi:10.1371/journal.pone.0227648.

2. Sourvinou IS, Markou A, Lianidou ES. Quantification of circulating miRNAs in plasma: effect of preanalytical and analytical parameters on their isolation and stability. J Mol Diagn. 2013;15:827-34. doi:10.1016/j.jmoldx.2013.07.005.

3. O’Brien J, Hayder H, Zayed Y, et al. Overview of MicroRNA biogenesis, mechanisms of actions, and circulation. Front Endocrinol (Lausanne). 2018;9:402. doi:10.3389/fendo.2018.00402.

4. Михайлина В. И., Мешков А. Н., Киселева А. В. и др. МикроРНК как биомаркеры ишемической болезни сердца для использования в клинической практике. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2024;23(12):4225. doi:10.15829/1728-8800-2024-4225.

5. Киселева А. В., Сотникова Е. А., Куценко В. А. и др. Циркулирующие микроРНК и развитие коллатерального кровообращения при хронической окклюзии коронарной артерии. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2024;23(10):4190. doi:10.15829/1728-8800-2024-4190.

6. Wang J, Chen J, Sen S. MicroRNA as biomarkers and diagnostics. J Cell Physiol. 2016;231:25-30. doi:10.1002/jcp.25056.

7. Chan S-F, Cheng H, Goh KK-R, et al. Preanalytic Methodological Considerations and Sample Quality Control of Circulating miRNAs. J Mol Diagn. 2023;25:438-53. doi:10.1016/j.jmoldx.2023.03.005.

8. Сотникова Е. А., Киселева А. В., Мешков А. Н. Влияние условий хранения плазмы и сыворотки на уровни циркулирующих микроРНК. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2024;23(11):4180. doi:10.15829/1728-8800-2024-4180.

9. Сотникова Е. А., Киселева А. В., Мешков А. Н. Факторы преаналитического этапа, влияющие на уровни циркулирующих микроРНК плазмы и сыворотки крови. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2024;23(11): 4179. doi:10.15829/1728-8800-2024-4179.

10. Suzuki K, Yamaguchi T, Kohda M, et al. Establishment of preanalytical conditions for microRNA profile analysis of clinical plasma samples. PLoS One. 2022;17:e0278927. doi:10.1371/journal.pone.0278927.

11. Brunet-Vega A, Pericay C, Quílez ME, et al. Variability in microRNA recovery from plasma: Comparison of five commercial kits. Anal Biochem. 2015;488:28-35. doi:10.1016/j.ab.2015.07.018.

12. Coenen-Stass AML, Magen I, Brooks T, et al. Evaluation of methodologies for microRNA biomarker detection by next generation sequencing. RNA Biol. 2018;15:1133-45. doi:10.1080/15476286.2018.1514236.

13. Page K, Guttery DS, Zahra N, et al. Influence of plasma processing on recovery and analysis of circulating nucleic acids. PLoS One. 2013;8:e77963. doi:10.1371/journal.pone.0077963.

14. Balzano F, Deiana M, Dei Giudici S, et al. miRNA Stability in Frozen Plasma Samples. Molecules. 2015;20:19030-40. doi:10.3390/molecules201019030.

15. Киселева А. В., Васильев Д. К., Сопленкова А. Г. и др. Ассоциация уровней микроРНК плазмы крови с различной выраженностью коллатерального кровообращения при хронической окклюзии коронарной артерии у пациентов с ишемической болезнью сердца: пилотное исследование. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2024;23(7):4086. doi:10.15829/1728-8800-2024-4086.

16. Копылова О. В., Ершова А. И., Покровская М. С. и др. Популяционно-нозологический исследовательский биобанк "НМИЦ ТПМ": анализ коллекций биообразцов, принципы сбора и хранения информации. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(8):3119. doi:10.15829/1728-8800-2021-3119.

17. Smith T, Heger A, Sudbery I. UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Res. 2017;27:491-9. doi:10.1101/gr.209601.116.

18. Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet J. 2011;17:10. doi:10.14806/ej.17.1.200.

19. Dobin A, Davis CA, Schlesinger F, et al. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics. 2013;29:15-21. doi:10.1093/bioinformatics/bts635.

20. Danecek P, Bonfield JK, Liddle J, et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools. GigaScience. 2021;10:giab008. doi:10.1093/gigascience/giab008.

21. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features. Bioinformatics. 2014;30:923-30. doi:10.1093/bioinformatics/btt656.

22. ENCODE Project Consortium. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature. 2012;489:57-74. doi:10.1038/nature11247.

23. Wickham H. Ggplot2: Elegant graphics for data analysis. New York, NY: Springer; 2009.

24. Kassambara A, Mundt F. Package "factoextra". Extract and visualize the results of multivariate data analyses. 2017;76:10-18637.

25. Love MI, Huber W, Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15:550. doi:10.1186/s13059-014-0550-8.

26. Mitchell AJ, Gray WD, Hayek SS, et al. Platelets confound the measurement of extracellular miRNA in archived plasma. Sci Rep. 2016;6:32651. doi:10.1038/srep32651.

27. Binderup HG, Houlind K, Madsen JS, et al. Pre-storage centrifugation conditions have significant impact on measured microRNA levels in biobanked EDTA plasma samples. Biochem Biophys Rep. 2016;7:195-200. doi:10.1016/j.bbrep.2016.06.005.

Источник

Информация

Автор

Киселева А. В. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Сотникова Е. А. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Жарикова А. А. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России; ФГБОУ ВО "Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова"
Куценко В. А. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Васильев Д. К. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Покровская М. С. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Ершова А. И. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Мешков А. Н. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России
Драпкина О. М. ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава России

Название журнала

Кардиоваскулярная терапия и профилактика

Ключевые слова

Статья