Cоматический мозаицизм и структурная вариабельность гена  <i>GBP3</i> при атеросклерозе

Слепцов А. А.; Назаренко М. С.; Зайцева А. В.; Казанцев А. Н.; Бурков Н. Н.; Барбараш О. Л.; Пузырев В. П.

Статья

Cоматический мозаицизм и структурная вариабельность гена <i>GBP3</i> при атеросклерозе

Слепцов А. А., Назаренко М. С., Зайцева А. В., Казанцев А. Н., Бурков Н. Н., Барбараш О. Л., Пузырев В. П.

2019

https://doi.org/10.15372/ATER20190404

Цель исследования заключалась в сравнительном анализе вариаций по числу копий участков ДНК (CNV) в гене GBP3 в лейкоцитах и артериях пациентов с каротидным атеросклерозом. Материалом послужили парные образцы крови и атеросклеротические бляшки сонных артерий, полученные от пациентов с каротидным атеросклерозом (n = 94). Оценка CNV выполнялась с помощью цифровой капельной ПЦР. Показано, что у пациентов с каротидным атеросклерозом частота CNV в гене GBP3 в лейкоцитах крови составляет 44 %. CNVделеция в гомозиготном состоянии выявлена у 5 (5,3 %) пациентов, а в гетерозиготном – у 36 (38,3 %). CNV-амплификация в том же регионе идентифицирована у одного больного. Соматический мозаицизм при сравнении образцов ДНК тканей атеросклеротической бляшки и лейкоцитов периферической крови обнаружен у 12 (13 %) пациентов. Мозаичные CNVделеции преобладали в лейкоцитах периферической крови, в то время как CNV-амплификации – напротив, в атеросклеротических бляшках. Соматический мозаицизм по гену GBP3 при атеросклерозе широко представлен и имеет различное соотношение клонов, несущих тот или иной тип CNV по гену GBP3.

Слепцов А. А., Назаренко М. С., Зайцева А. В., Казанцев А. Н., Бурков Н. Н., Барбараш О. Л., Пузырев В. П. Cоматический мозаицизм и структурная вариабельность гена GBP3 при атеросклерозе. Атеросклероз. 2019;15(4):46-51. https://doi.org/10.15372/ATER20190404

Цитирование

Список литературы

1. Shia W.-C., Ku T.H., Tsao Y.M. et al. Genetic copy number variants in myocardial infarction patients with hyperlipidemia // BMC Genomics. 2011. Vol. 12, Suppl 3. P. S23.

2. Marques F.Z., Prestes P.R., Pinheiro L.B. et al. Measurement of absolute copy number variation reveals association with essential hypertension // BMC Med. Genomics. 2014. Vol. 7. P. 44.

3. Boon-Peng H., Mat Jusoh J.A., Marshall C.R. et al. Rare copy number variants identified suggest the regulating pathways in hypertension-related left ventricular hypertrophy // PLoS One. 2016. Vol. 11, N 3. P. e0148755.

4. Glessner J.T. et al. CNV association of diverse clinical phenotypes from eMERGE reveals novel disease biology underlying cardiovascular disease // Int. J. Cardiol. 2019. doi: DOI10.1016/j.ijcard.2019.07.058

5. Nazarenko M.S., Sleptcov A.A., Lebedev I.N. et al. Genomic structural variations for cardiovascular and metabolic comorbidity // Sci. Rep. 2017. Vol. 7. P. 41268.

6. Tretina K., Park E.S., Maminska A., MacMicking J.D. Interferon-induced guanylate-binding proteins: Guardians of host defense in health and disease // J. Exp. Med. 2019. Vol. 216, N 3. P. 482–500.

7. Xie G., Myint P.K., Voora D. et al. Genome-wide association study on progression of carotid artery intima media thickness over 10 years in a Chinese cohort // Atherosclerosis. 2015. Vol. 243, N 1. P. 30–37.

8. Goo Y.-H., Son S.H., Yechoor V.K., Paul A. Transcriptional profiling of foam cells reveals induction of guanylate-binding proteins following Western diet acceleration of atherosclerosis in the absence of global changes in inflammation // J. Am. Heart Assoc. Vol. 5, N 4. P. e002663.

9. Forsberg L.A., Gisselsson D., Dumanski J.P. Mosaicism in health and disease clones picking up speed // Nat. Rev. Genet. 2017. Vol. 18, N 2. P. 128–142.

10. Sambrook J., Russell D.W. Molecular cloning. A laboratory manual. 3 vol. N.Y.: Cold Spring Harbor, 2001.

11. Zhou B., Haney M.S., Zhu X. et al. Detection and quantification of mosaic genomic DNA variation in primary somatic tissues using ddPCR: Analysis of mosaic transposable-element insertions, copy-number variants, and single-nucleotide variants // Methods Mol. Biol. 2018. Vol. 1768. P. 173–190.

12. Fujiki K., Shirahige K., Kaur M. et al. Mosaic ratio quantification of isochromosome 12p in PallisterKillian syndrome using droplet digital PCR // Mol. Genet. Genomic Med. 2016. Vol. 4, N 3. P. 257–261.

13. Mills R.E., Walter K., Stewart C. et al. Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing // Nature. 2011. Vol. 470, N 7332. P. 59–65.

14. Park H., Kim J.I., Ju Y.S. et al. Discovery of common Asian copy number variants using integrated high-resolution array CGH and massively parallel DNA sequencing // Nat. Genet. 2010. Vol. 42, N 5. P. 400–405.

15. Steensma D.P., Bejar R., Jaiswal S. et al. Clonal hematopoiesis of indeterminate potential and its distinction from myelodysplastic syndromes // Blood. 2015. Vol. 126, N 1. P. 9–16.

Документы

Источник

Информация

Автор

Слепцов А. А. НИИ медицинской генетики ФГБНУ Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН
Назаренко М. С. НИИ медицинской генетики ФГБНУ Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН; ФГБОУ ВО Сибирский государственный медицинский университет Минздрава России
Зайцева А. В. ФГБОУ ВО Сибирский государственный медицинский университет Минздрава России
Казанцев А. Н. ФГБНУ НИИ комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний
Бурков Н. Н. ФГБНУ НИИ комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний
Барбараш О. Л. ФГБНУ НИИ комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний
Пузырев В. П. НИИ медицинской генетики ФГБНУ Томский национальный ФГБОУ ВО Сибирский государственный медицинский университет Минздрава исследовательский медицинский центр РАН

Название журнала

Атеросклероз

Ключевые слова

Статья