Цель. Провести сравнительный анализ эффективности коммерческих наборов для выделения дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) из крови и тканей, а также рибонуклеиновой кислоты (РНК) из тканей мышей, и оценить влияние постмортального интервала (ПМИ) на качество и количество извлекаемых нуклеиновых кислот (НК).Материал и методы. Использовали образцы крови и тканей (мозг, сердце, печень, почки, легкие, мышцы, семенники) 12 мышей линии Balb/C. Забор материала проводили сразу (0 ч) и через 24 ч после эвтаназии. Для выделения ДНК протестировали 10 коммерческих наборов (российских и зарубежных), для выделения РНК — набор RNeasy Mini Kit (Qiagen, Германия). Контроль качества включал измерение концентрации (флуориметрия), чистоты (спектрофотометрия) и целостности (электрофорез) НК.Результаты. Наборы на основе спин-колонок (QIAamp DNA Blood Mini Kit, Qiagen, США, D-Blood-5) показали наивысший выход ДНК из крови. Для тканей наибольший выход ДНК обеспечили наборы на магнитных частицах (GM Tissue, Tissue M), но колоночный метод (QIAamp DNA Mini Kit, Qiagen, Германия) дал лучшие показатели чистоты и стабильности при увеличении ПМИ. Увеличение ПМИ до 24 ч привело к значительному снижению концентрации и целостности как ДНК, так и РНК во всех тканях, кроме семенников. Наиболее выраженная деградация РНК (падение индекса RIN (RNA integrity number, степень деградации РНК) до 2,5-2,8) наблюдалась в почках и мышцах.Заключение. Эффективность выделения НК существенно зависит от типа набора, биоматериала и ПМИ. Выбор оптимального метода должен основываться на этих факторах. Полученные данные критически важны для планирования преаналитического этапа исследований.
Кумар Н. А., Тарасова Д. А., Буханова А. А., Маралова Е. Д., Циммер О. Я., Илларионов Р. А., Ивашечкин А. А., Емельянова Н. Б., Махотенко А. В., Азарян В. Б., Снигирь Е. А., Мухин В. Е., Юдин В. С. Сравнительный анализ наборов для выделения нуклеиновых кислот из образцов крови и тканей животных. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2025;24(11):4568.
https://doi.org/10.15829/1728-8800-2025-4568
1. Филиппова А. В., Рябухина М. В., Одиноков Г. Н. и др. Сравнительный анализ эффективности методов экстракции ДНК из тканей животных. Вестник Нижневартовского государственного университета. 2024;2:76-85. doi:10.36906/2311-4444/24-2/07.
2. Антонова О. С., Корнева Н. А., Белов Ю. В. и др. Эффективные методы выделения нуклеиновых кислот для проведения анализов в молекулярной биологии. Научное приборостроение. 2010;20:1:3-9.
3. Esa MS, Faujan NH, Rajab HA, et al. Comparison of DNA Concentration and Purity of Animal Blood Extracted Using Different DNA Extraction Kits. MJoSHT. 2018;2(Special Issue). doi:10.33102/mjosht.v2i.42.
4. Żarczyńska M, Żarczyński P, Tomsia M. Nucleic Acids Persistence–Benefits and Limitations in Forensic Genetics. Genes. 2023;14(8):1643. doi:10.3390/genes14081643.
5. Bauer M. RNA in forensic science. Forensic Sci Int Genet. 2007; 1(1):69-74. doi:10.1016/j.fsigen.2006.11.002.
6. Chatterjee N, Walker GC. Mechanisms of DNA damage, repair, and mutagenesis. Environ Mol Mutagen. 2017;58(5):235-63. doi:10.1002/em.22087.
7. Lucena-Aguilar G, Sánchez-López AM, Barberán-Aceituno C, et al. DNA Source Selection for Downstream Applications Based on DNA Quality Indicators Analysis. Biopreserv Biobank. 2016;14(4):264-70. doi:10.1089/bio.2015.0064.
8. Dilley K, Pagan F, Chapman B. Methods for ensuring the highest DNA concentration and yield in future and retrospective trace DNA extracts. Sci Justice. 2021;61(2):193-7. doi:10.1016/j.scijus.2020.11.005.
9. Al-Griw HH, Zraba ZA, Al-Muntaser SK, et al. Effects of storage temperature on the quantity and integrity of genomic DNA extracted from mice tissues: A comparison of recovery methods. Open Vet J. 2017;7(3):239-43. doi:10.4314/ovj.v7i3.7.
10. Walker DG, Whetzel AM, Serrano G, et al. Characterization of RNA isolated from eighteen different human tissues: results from a rapid human autopsy program. Cell Tissue Bank. 2016; 17(3):361-75. doi:10.1007/s10561-016-9555-8.
11. Yamamoto T, Nakashima K, Maruta Y, et al. Improved RNA extraction method using the BioMasher and BioMasher power-plus. J Vet Med Sci. 2012;74(12):1561-7. doi:10.1292/jvms.12-0213.
12. Li S, Liu J, Zhao M, et al. RNA quality score evaluation: A preliminary study of RNA integrity number (RIN) and RNA integrity and quality number (RNA IQ). Forensic Sci Int. 2024;357:111976. doi:10.1016/j.forsciint.2024.111976.
13. Bonadio RS, Nunes LB, Moretti PNS, et al. Insights into how environment shapes post-mortem RNA transcription in mouse brain. Sci Rep. 2021;11(1):13008. doi:10.1038/s41598-021-92268-y.
14. Latorre N, Dorda BA, Rey I, et al. RNA quality and protamine gene expression after storage of mouse testes under different conditions. PLoS One. 2024;19(11):e0314013. doi:10.1371/journal.pone.0314013.
