Цель. Проведение инвентаризации и контроля качества биообразцов "Коллекции биообразцов от беременных женщин на разных сроках гестации для поиска ранних биомаркеров осложнений беременности".Материал и методы. В рамках настоящей работы использованы методы оценки пробоподготовки биообразцов, включающие выделение дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК)/рибонуклеиновой кислоты из разного биоматериала, белковый электрофорез в полиакриламидном геле и анализ базы данных.Результаты. Проведен контроль качества биообразцов и инвентаризация коллекции (n=18390), подтвердившие высокую сохранность биоматериала вне зависимости от срока хранения. Средняя концентрация ДНК составила (69,96±6,56) нг/мкл, внеклеточной ДНК (вкДНК) — 0,20±0,02 нг/мкл, рибонуклеиновой кислоты — 38,16±5,69 нг/мкл. Показатели DNA Integrity Number (DIN) >9, RNA integrity number (RIN) >7, A260/280 >1,8 — для всех исследуемых образцов. Белковый форез продемонстрировал отсутствие деградации белковых зон после длительного хранения. Количество ошибок, обнаруженных при инвентаризации — 84 (0,46% от всех записей в базе данных), доноров с неполной клинической информацией — 64 (15% от всех доноров коллекции).Заключение. Продемонстрирована необходимость обязательного исполнения стандартных операционных процедур при создании и поддержании коллекции, с одной стороны, и периодической инвентаризации с оценкой качества биообразцов, с другой.
1. Anisimov SV, Meshkov AN, Glotov AS, et al. National Association of Biobanks and Biobanking Specialists: New Community for Promoting Biobanking Ideas and Projects in Russia. Biopreserv Biobank. 2021;19(1):7382. doi:10.1089/bio.2020.0049.
2. Сивакова О. В., Покровская М. С., Ефимова И. А. и др. Контроль качества образцов сыворотки и плазмы крови для научных исследований. Профилактическая медицина. 2019;22(5): 917. doi:10.17116/profmed20192205191.
3. Chen WC, Kerr R, May A, et al. The Integrity and Yield of Genomic DNA Isolated from Whole Blood Following Long Term Storage at 30о C. Biopreserv Biobank. 2018;16(2):10613. doi:10.1089/bio.2017.0050.
4. Shah SG, Rashid M, Verma T, et al. Establishing a correlation between RIN and A260/280 along with the multivariate evaluation of factors affecting the quality of RNA in cryopreserved cancer biospecimen. Cell Tissue Bank. 2019;20(4):48999. doi:10.1007/S10561019097827.
5. Meddeb R, Pisareva E, Thierry AR. Guidelines for the Preanalytical Conditions for Analyzing Circulating Cell Free DNA. Clin Chem. 2019;65(5):62333. doi:10.1373/clinchem.2018.298323.
6. Пачулия О. В., Илларионов Р. А., Вашукова Е. С. и др. Менеджмент качества сбора биообразцов и ассоциированных с ними данных у беременных на разных сроках гестации для поиска ранних биомаркеров преждевременных родов: прогнозирование ошибок и управление рисками. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(8):3107. doi:10.15829/1728880020213107.
7. Пачулия О. В., Илларионов Р. А., Вашукова Е. С. и др. Характеристика биоресурсной коллекции биообразцов от беременных женщин на разных сроках гестации для поиска ранних биомаркеров осложнений беременности и перспективы ее научного использования. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2022;21(11):3399. doi:10.15829/1728880020223399.
8. Илларионов Р. А., Косякова О. В., Вашукова Е. С. и др. Особенности создания коллекции образцов беременных женщин на разных сроках гестации для поиска ранних биомаркеров преждевременных родов. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(6):2708. doi:10.15829/1728880020202708.
9. Miller SA, Dykes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res. 1988;16(3):1215. doi:10.1093/nar/16.3.1215.
10. Laemmli UK. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature. 1970;227(5259):6805. doi:10.1038/227680a0.
11. Tang R, Han C, Yin R, et al. Quality Control of DNA Extracted from All Cell Pellets After Cryopreservation for More Than 10 Years. Biopreserv Biobank. 2022;20(3):2116. doi:10.1089/bio.2021.0052.
12. Dong L, Yoshizawa J, Li X. Nucleic Acid Isolation and Quality Control. Methods Mol Biol. 2019;1897:32543. doi:10.1007/9781493989355_28.
13. Esteva Socias M, Artiga MJ, Bahamonde O, et al. In search of an evidence based strategy for quality assessment of human tissue samples: report of the tissue Biospecimen Research Working Group of the Spanish Biobank Network. J Transl Med. 2019;17(1):370. doi:10.1186/s1296701921248.
14. Liu Y, Gao H, Hu Y, Ding J, Ge M, Ye Q. Quality Control System in an Obstetrics and Gynecology Disease Biobank. Biopreserv Biobank. 2019;17(1):2738. doi:10.1089/bio.2018.0056.
15. Brisco MJ, Latham S, Bartley PA, Morley AA. Incorporation of measurement of DNA integrity into qPCR assays. Biotechniques. 2010;49(6):8937. doi:10.2144/000113567.
16. Кондрацкая В. А., Покровская М. С., Долудин Ю. В. и др. Влияние преаналитических переменных на качество внеклеточной ДНК. Биобанкирование материала для выделения внеклеточной ДНК. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(8):3114. doi:10.15829/1728880020213114.
17. Craciun L, Spinette SA, Rassy M, et al. Tumor Banks: A Quality Control Scheme Proposal. Front Med (Lausanne). 2019;6:225. doi:10.3389/fmed.2019.00225.
18. Shen Q, Björkesten J, Galli J, et al. Strong impact on plasma protein profiles by precentrifugation delay but not by repeated freezethaw cycles, as analyzed using multiplex proximity extension assays. Clin Chem Lab Med. 2018;56(4):58294. doi:10.1515/cclm20170648.
